Según registros de la Fiscalía, en este municipio hay reportadas 160 desapariciones forzadas.
La Fiscalía General de la Nación lideró en el municipio de San Francisco una jornada de atención a víctimas de la guerrilla y los paramilitares, en la que participaron más de 1.100 personas afectadas por delitos de desaparición forzada, secuestro y desplazamiento forzado entre los años 1998 y 2004.
La jornada contó con la participación de la Alcaldía Municipal, la Procuraduría, Defensoría del Pueblo, Unidad de Atención y Reparación Integral a Víctimas, la Gobernación de Antioquia y la Personaría local.
La actividad interinstitucional permitió la ubicación de una persona que se encontraba desaparecida desde el año 1975 y de tres menores de edad que fueron reclutados y asesinados por el Ejército de Liberación Nacional (ELN).
De acuerdo con los registros de la Fiscalía, en el municipio de San Francisco hay reportadas 160 desapariciones forzadas, muchas de ellas de menores de edad que fueron reclutados por los grupos armados ilegales que delinquieron en la región.